内容摘要:布罗德研究所研究人员史蒂芬·夏弗纳(Stephen Schaffner)表示,这些研究数据在第一时间被研究人员上传到了公共基因序列数据库(GenBank),他们首先考虑的事情是通过基因研究的突破来遏制当时迅速发展的疫情。此外,近些年来,许多关于病毒研究的数据,都在全部研究完成并出版之前,就进行了部分数据的快速共享,以使研究人员掌握来自不同研究小组的海量数据,比如关于代谢问题的研究(metabolite research),在数据共享方面也做出了表率。美国国家健康研究院(the US National Institutes of Health)已经在数据共享方面达成共识,要求基因研究数据的公开时间应最迟在相关文章出版同时,也就是希望研究人员能够尽量早于出版著作公开、共享相关研究数据,尤其是大规模疫情的基因研究,呼吁数据应该实时公布。
关键词:病毒;博拉;疫情;基因组;共享;出版商;数据库;科研;研究成果;公布
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随着全球各事务关联性增强,局部的公共卫生和防疫问题开始成为影响整个地区乃至世界的问题,对全球化科研合作也提出了新要求。
近日,《自然》杂志发表了哈佛大学、布罗德研究所和麻省理工学院等多位研究人员的反思文章。文章提到,针对一些特殊情况,比如大规模爆发的跨地区疫情,对研究数据的开放存取(OA)提出更严峻的挑战。
共享速度是关键
2014年4月,埃博拉疫情进入一个新阶段,一个国际工作小组对从几内亚病人身上提取的埃博拉病毒基因组进行了测序,并成功地对其进行解读。该数据在当月便对公众进行了公布;两个月后,位于美国马萨诸塞州剑桥市的布罗德研究所(The Broad Institute in Cambridge,Massachusetts)和哈佛大学的学者又成功地攻克了99对埃博拉病毒基因组,这些病毒是从塞拉利昂的病人身上获取的。
布罗德研究所研究人员史蒂芬·夏弗纳(Stephen Schaffner)表示,这些研究数据在第一时间被研究人员上传到了公共基因序列数据库(GenBank),他们首先考虑的事情是通过基因研究的突破来遏制当时迅速发展的疫情。自从基因研究数据发布后,许多相关领域的学者如药物研究领域和疫苗开发领域的人们,与基因组研究人员组成了一个特别有凝聚力的研究联盟,一起奋战在抗击埃博拉病毒的前线。
“这些基因研究证实了埃博拉病毒最初是由几内亚传播到塞拉利昂的,并且证明了病毒主要通过人际传播,而不是蝙蝠等其他携带者;研究同时为对抗病毒后续传播提供了新方向,对有效诊断、疫苗开发和相关基于抗体的治疗等意义重大。”夏弗纳说。
夏弗纳透露,“然而,随后的3个月,埃博拉基因研究却陷入停滞。事实上,传到美国的埃博拉病毒基因已经发生变化,但受到一些机构的阻碍,不再有新的基因测序数据被公布。不管是埃博拉病毒还是西尼罗病毒,研究人员必须在相互合作中达成一定标准,并积累相关实践经验。如果国际学界能对共享信息达成快速分享研究信息的共识,日后国际共同应对重大疫情的反应能力将会获得有效提升。”







