新疆伊斯兰教与内地存在较大差异，至今没有完成中国化的历程。在当前形势下，积极引导新疆伊斯兰教的中国化发展方向是非常重要的。

　　不少学者谈到中国伊斯兰教的历史和现状时，往往只关注到新疆之外的情况（主要是回族伊斯兰教），有意或无意忽视了新疆的伊斯兰教，这是很不应该的。其一，新疆的穆斯林群众数量众多，既超过了新疆总人口的一半，也超过了中国穆斯林人口的一半；其二，新疆伊斯兰教与内地伊斯兰教在传播历史、发展演变过程及现实状况等诸多方面，存在较大的差异，两地穆斯林语言、文化形态也不尽一致。相较于内地，新疆的伊斯兰教有不少特殊性。

　　伊斯兰教传入新疆之后，与新疆本地的宗教信仰和民族文化相融合，实现了伊斯兰教的地域化和民族化，也一定程度走上了中国化的道路。新疆伊斯兰教和伊斯兰文化受到中国传统文化的强烈影响。但是，新疆伊斯兰教一直没有完成中国化的历程。相对于新疆少数民族受伊斯兰教和伊斯兰文化的全方位影响，中华传统文化在新疆少数民族中的影响至今还极为有限。新疆伊斯兰文化吸纳中华传统儒释道文化和社会主义先进文化的因素尚少。

　　任何外来传入的宗教和文化，势必会与当地的宗教和文化有一个碰撞、磨合乃至融合的过程，特别是面对强大的、有生命力的本土宗教和文化，外来宗教和文化往往采取不同程度的本土化来应对。伊斯兰教和伊斯兰文化也不例外。

　　伊斯兰教中国化有成功的先例，回族、东乡族等民族的伊斯兰教和伊斯兰文化，已经比较成功地实现了中国化。历史上，中国穆斯林学者通过“以儒诠经”、经堂教育等方式，完成了伊斯兰哲学本土化的过程。其最深远的意义在于，使伊斯兰哲学与中国哲学这两大相互独立的思想体系，在中国回回经学思想体系的形成过程中，得到最佳的融合与沟通。经堂教育、“以儒诠经”活动在一定程度上改变了广大中国穆斯林对中华文化的某些偏见，进而也加深了对中华文明的理解和认同，从而使伊斯兰教的本土化拥有了广阔的空间和深厚的民众基础。特别是明清之际的一些穆斯林学者，创造性地发展了独具特色的“回儒”，一定程度上完成了回族地区伊斯兰教的中国化。

　　而新疆伊斯兰教中国化还存在障碍。新疆伊斯兰教中国化至今仍然在路上，我们认为存在的障碍主要有以下几点。

　　其一，伊斯兰教自身具有的特点。有的穆斯林学者认为，伊斯兰教的天启性和统一性两大特征，决定了其具有不变性，这就基本上断绝了伊斯兰作为一种完整宗教被地方化和本土化的可能。这种观点现在看来还是比较盛行的。教内和学界有些专家，反对新疆伊斯兰教中国化的阻力依然存在。

　　其二，世界伊斯兰教趋同化的影响。有的穆斯林学者认为，信仰伊斯兰教的民众没有民族、种族、国家的界限，同属于“乌玛”（阿拉伯语的音译，本意为民族。乌玛是穆斯林最早政教合一的政权），所以要消除民族、地区、国家的因素，以保持在宗教信仰和文化上的高度统一。以礼拜和朝觐为例，全世界的穆斯林每日5次朝同一个方向礼拜，目的在于保持思想的统一和信仰的统一，以及圣地的神圣性。中国伊斯兰教一些新的教派就是穆斯林外出朝觐之后，模仿沙特瓦哈比等教派而创立的。