任何宗教要成功融入不同的社会文化环境，就必须经历本土化的过程，这是宗教发展的基本规律。它们的一个共同特点，就是在传播过程中，有一个地方化和民族化的问题。中国历史上是一个以儒家思想为核心的社会，任何外来文化要想扎根、发展，就必须适应中国社会的政治文化需要，否则就难以生存。世界三大宗教传入中国的过程就是它们经历中国化的适应过程。伊斯兰教主张不同民族、不同地域和不同信仰的人类群体之间，只有通过相互沟通与交流，才能不断趋于一致，获得共识，和谐相融。伊斯兰教本身就具有适应和变通的思想主张。回顾内地伊斯兰教中国化的历程，它积累的宝贵经验值得总结和借鉴。

　　设立中国本土的宗教管理制度与伊斯兰教管理机构

　　据阿拉伯史学家记载，9世纪70年代，随着来华穆斯林蕃客人数的不断增多及其在广州、泉州等沿海地区经济实力和社会影响的扩大，为了生活方便，他们自成聚落，居有定处，形成蕃坊。这与当时的政府单独安置外来穆斯林的意愿相适应。政府在蕃坊内设有都蕃长。都蕃长在蕃客中推选出“最有德望者”加以任命。都蕃长由宗教人士担任，所以，蕃坊实际上是一种政教合一的社会组织形式。即蕃坊不仅是基层政府机构，也是穆斯林社区、宗教组织形式和当地外来穆斯林社会、宗教活动的中心。都蕃长的职责除了“管勾蕃坊公事”，注意“找邀”蕃客向政府纳税外，还按照伊斯兰教的法典和规定兼理他们内部的宗教事务，管理诉讼裁判、解决民事纠纷等。

　　宋代沿袭唐代的做法，划置特定区域作为穆斯林社区，也称其为蕃坊。宋人有时也称蕃坊为“蕃人巷”或“蕃巷”。宋时在蕃坊设蕃长，从蕃人中推选，再由政府加以委任。蕃长巾袍履笏，穿中国官服，办公的处所叫番长司。蕃长的职责是招邀蕃人，主管宗教事务，依伊斯兰教教法裁决穆斯林蕃客之间的纠纷。宋代专门设置学校以便蕃商子弟入学，当时称为“蕃学”。

　　元代,随着穆斯林人数和清真寺数量的不断增加，颇具中国伊斯兰教特色的清真寺职能管理制度——三掌教制形成。三掌教制，是指清真寺内由伊玛目、海推布、穆安津等三种教职人员共同掌教的一种制度，亦称为伊玛目掌教制，是唐宋时期蕃坊制后，由穆斯林自行管理清真寺事务的组织。三掌教之间互不隶属，各自履行自己的工作职能，实际上是一个保证清真寺教务活动正常进行的协作团队。元代中期以后，三掌教的地位和职能发生变化，伊玛目成为具有宣教和掌教的实际全权负责人，三掌教制度转化为伊玛目负责制。这种伊玛目负责制虽历经数百年，今天仍在我国清真寺内发挥作用。后人评价这种制度“是中国伊斯兰教的一种创制，在一般伊斯兰国家和地区尚属少见。这也正是伊斯兰教在中国历史环境中发展演变的产物。”

　　在宗教和社会事务管理上，元朝政府在中央设置了专门机构“回回哈的司”“回回掌教哈的所”，在地方分别设置了哈的司属管理全国和各地的伊斯兰教和回回人社会事务。这是中国历代第一个管理穆斯林事务的官方机构。

　　“回回掌教哈的所”的主要职责是管理宗教社团，即通过政令对“回回大师”、“回回哈的”们的权力做出规定和监督。这里需指出的一点是，元代哈的为非穆斯林的蒙古族帝王祈祷并颂扬其文治武功等政德。这是因为，唐宋时期居于我国东南沿海港埠地区的蕃坊穆斯林，他们多是来华经商贸易的波斯、阿拉伯“住唐”的侨民，他们的祖国仍为波斯、阿拉伯。因此，他们仍要为本国的哈里发和苏丹祈祷祝福。而元代的回回已落居中国，要为中国君主祈祷。其原由是，元代在华回回已被正式编入我国户籍，由“蕃客”变为“回回户”，这是其华化的一个重要步骤。尽管这时在我国境内的回回还没有形成一个民族共同体，但由于他们有共同的伊斯兰信仰，再加上“回回掌教哈的所”和各地哈的司属之间的紧密联系，回回人族群意识不断得到强化，并朝着一个稳定的民族共同体逐渐发展，回回人更深地扎根于中华大地。