明代科举考试以程朱理学为宗的时代很短，而且主要是在正德以前。正德、嘉靖年间，随着阳明心学的兴起，程朱理学的独尊地位开始受到挑战。特别是嘉靖、隆庆年间，阳明心学在科举考试中的地位超越了程朱理学。万历至明末，科举考试的指导思想更趋多元化，以致出现“离经叛道”现象。

　　有的学者认为，明代科举考试以程朱理学为指导思想。此说似不全面。明前期，科举确实以程朱理学为宗，考生答卷时“专以程朱传注为主”。然而，明中后期，随着阳明心学（又称王学）的兴起和传播，程朱理学的主导地位逐渐动摇。至嘉靖、隆庆年间，阳明心学开始在科举考试中居于指导地位。

　　阳明心学挑战程朱理学地位

　　明朝建立后，程朱理学被确立为官方意识形态。不过，洪武、建文年间，虽然科举考试首场的七篇经义文章严格限定在四书五经范围内，但并未规定必须以程朱理学为宗，程朱传注仅是参考之一。此外，当时八股文尚未定型，在文章形式上也并非很严格。故此，士子答题时仍有一些发挥余地。永乐年间，为强化思想控制，明朝开始组织编纂《四书大全》、《五经大全》和《性理大全》，并颁示全国，规定答题时以程朱理学的注释为准则，且须“代古人语气为之”。这进一步钳制了读书人的思想，剥夺了士人自由思考的权利。

　　正德、嘉靖年间，随着阳明心学的兴起，程朱理学的独尊地位开始受到挑战。王阳明汲取了老庄和佛教的心性论思想，提出了“致良知”和“知行合一”说。他广收门徒，力倡讲学，不仅培养了一大批信徒，而且使阳明心学迅速传播开来。阳明心学不仅在普通士人中广为流传，而且在南北两京的官僚队伍中也有很多信徒。徐阶、李春芳、耿定向等士大夫崇信阳明心学，在京师力倡讲学，不仅进一步扩大了阳明心学的影响，而且使之逐渐被官学和科举接纳，跻身于主流意识形态。

　　嘉靖、隆庆年间，阳明心学在科举考试中的影响已超过程朱理学。隆庆二年（1568）会试，李春芳担任主考官，其所作程文就以王学解经，并将《庄子》之言入文。嘉隆年间，唐宋派对科举考试有重要影响。其成员不仅大都推崇和信奉阳明心学，而且将心学思想融入八股文和策论中。例如，唐顺之提出“本色论”，认为“非洗涤心源，独立物表，具今古只眼者”不可能写出佳作，主张作文“但直摅胸臆，信手写出，虽或疏漏，然绝无烟火酸馅习气，便是宇宙间第一样绝好文字”，反之，虽然谨遵“绳墨布置”，但如果“翻来覆去不过是这几句婆子舌头语”，而没有“真精神与千古不可磨灭之见”，也写不出好文章，“文虽工而不免为下格”。这些看法与阳明心学如出一辙。